اجرای طرح‌های پژوهشی بنیادی، کاربردی و توسعه‌ای به منظور تحقق اهداف پژوهشگاه متناسب با مزیت های نسبی منطقه، ارائه خدمات مشاوره‌ای، آموزشی، پژوهشی و اجرایی به منظور کاربردی‌کردن علوم، توانمندسازی نیروی انسانی و اشتغال پایدار، اجرای طرح‌های کاربردی و پژوهشی به منظور حفظ و احیاء ارقام گیاهی از جمله گیاهان دارویی، و سایر گونه‌های گیاهی، برنامه‌ریزی و اجرای طرح‌های کاربردی به منظور تغییر الگوی کشت و کشت‌های نوین از جمله ایجاد گلخانه‌ها، فراهم‌آوری امکانات لازم به منظور ایجاد بانک ژن دام‌های بومی در حال انقراض و حفظ، اصلاح نژاد و جلوگیری از انقراض گونه‌های دامی و ژنتیکی دارای مزیت اقتصادی و راهبردی منطقه از جمله گاو سیستانی، گوسفند بلوچی، مرغ خزک، شترمرغ و سایر گونه‌های بومی، مطالعه و پایش ویژگی‌های گوناگون تالاب در شرایط طبیعی و خشکسالی و حوزه‌های مرتبط با تالاب‌ها مانند بوم‌شناسی، مسائل حقوقی، اجتماعی و اقتصادی تالاب‌ها، تغییر اقلیم و غیره، بررسی و اجرای راهکارهای چگونگی مقابله با تبخیر آب چاه‌نیمه‌ها و جلوگیری از شن‌های روان، همکاری پژوهشی با دانشگاه‌ها و موسسات آموزش عالی و پژوهشی داخل و خارج کشور به منظور ارتقای کیفیت فعالیت‌های پژوهشی در زمینه علوم کشاورزی، دامپروری، منابع طبیعی و محیط زیست با رعایت قوانین و مقررات مربوط، توسعه و تقویت شرکت‌های دانش بنیان و زمینه‌سازی برای تولید ثروت از پژوهش در حوزه‌های مربوطه